I nomi dei nemici sono tratti dal finale extra e non sono stati tradotti in italiano nel gioco.

Dopo il nome di ogni creatura compare un numero tra parentesi che indica il grado di pericolosità della stessa in una scala in decimi (da 0 a 10), calcolato tenendo conto di forza e abilità d' attacco nei confronti di un gruppo di Pikmin di media consistenza e di quanto la creatura è fastidiosa. 10+ sta per fuori parametro e s.n. per senza numero.

• DWARF BULBEAR (6) Un bulbear nano che, a differenza del suo simile, non dorme ma è sempre vigile. Tuttavia è meno pericoloso, considerate anche le sue ridotte dimensioni.
• DWARF BULBORB (7) Un bulborb nano che, a differenza del suo simile, non dorme ma è sempre vigile. Tuttavia è meno pericoloso, considerate anche le sue ridotte dimensioni.
• SPOTTY BULBEAR (7) Una creatura che si nutre di Pikmin, dotata di denti aguzzi; di solito è sempre addormentato e il suo sonno piuttosto pesante. Tuttavia se qualcuno si avvicina troppo si sveglia e lo attacca senza pietà. Il suo punto debole è il dorso mentre un attacco frontale può portare alla morte di parecchi Pikmin.
• SPOTTY BULBORB (8) Il bulborb è una variante del bulbear molto più aggressiva, resistente e pericolosa e con il sonno più leggero. Va affrontata con cautela.
• FIERY BLOWHOG (4) Uno strano animale dotato di una proboscide con cui spruzza un liquido altamente infiammabile. Per questo risulta pericoloso per i Pikmin blu e gialli mentre i rossi non lo temono affatto.
• PUFFY BLOWHOG (3) Una variante del blowhog piena di un gas che le consente di fluttuare nell' aria. E' priva del liquido infiammabile del suo simile ma in compenso può soffiare con la sua proboscide scaraventando i Pikmin in giro. Il suo attacco non è mortale ma può diventare pericoloso se la creatura è vicina a una fonte di pericolo per i Pikmin.
• BREADBUG (s. n.) Una creatura fastidiosa che ama rubare le pillole nutrienti per le cipolle dei Pikmin. Non costituisce un pericolo.
• WATER DUMPLE (6) Una creatura carnivora che vive in acqua e attacca spesso in gruppi di tre. Compensa la sua modesta forza con l' elevata aggressività e può uccidere diversi Pikmin se attaccata in modo maldestro.
• WOGPOLE (s. n.) Animale acquatico inoffensivo, molto rapido e veloce, è solo un nutriente per le cipolle dei Pikmin ma è difficile da eliminare.
• WOLLYWOG (6) Una rana perfida in grado di schiacciare i Pikmin con i suoi balzi. Da non sottovalutare, conviene attaccarla con pochi Pikmin.
• YELLOW WOLLYWOG (6) Una variante del wollywog di colore giallo. Si comporta come il suo simile, differisce solo per habitat, infatti si trova spesso in luoghi aperti, mentre il Wollywog predilige quelli poco soleggiati.
• SHEARGRUB (femmina) (s. n.) Una specie di tarlo che vive sotto terra. Le femmine non sono in grado di sferrare attacchi e costituiscono solo una fonte di nutrimento per le cipolle dei Pikmin.
• SHEARGRUB (maschio) (2) Una specie di tarlo che vive sotto terra. I maschi sono in grado di attaccare ma sono piuttosto deboli.
• SHEARWIG (femmina) (s. n.) Una sheargrub femmina dotata di ali per scappare.
• SHEARWIG (maschio) (2) Uno sheargrub maschio dotato di ali per scappare e attaccare dall' alto.
• HONEYWISP (s. n.) Una vespa che trasporta il nutriente nettare utile per far sbocciare il fiore dei Pikmin.
• IRIDESCENT FLINT BEETLE (s. n.) Una specie di scarafaggio che si nasconde nel terreno. Se viene scoperto scappa via. Non è in grado di attaccare ma è difficile da colpire, in quanto va prima rovesciato con un colpo sul dorso; costituisce un' ottima fonte di nutrimento per le cipolle dei Pikmin.
• PEARLY CLAMCLAMP (6) Un mollusco che al suo interno custodisce perle o tesori. Si nutre di esseri più piccoli attirandoli al suo interno con il suo gioiello per poi richiudersi in una morsa letale.
• SWOOPING SNITCHBUG (1) Una fastidiosa creatura volante munita di braccia che non è in grado di uccidere i Pikmin ma che si diverte a catturarli e seppellirli nel terreno.
• CANDYPOP BUD (s.n.) Un fiore che trasforma i Pikmin eventualmente gettati in esso in Pikmin del colore che lo contraddistingue.
• PELLET POSY (s.n.) Le piante che custodiscono le nutrienti pillole per le cipolle dei Pikmin.

CREATURE SUPERIORI E MISTERIOSE

Qui di seguito trovate l' elenco delle creature misteriose e di quelle superiori, divise per area.

Area 1

• GOOLIX (4) Una strana creatura costituita da un liquido che ricopre due nuclei. Letale per i Pikmin rossi e gialli, solo quelli blu possono affrontarla senza timore; occorre fare attenzione anche al fatto che può stordire e ferire Olimar.
• MAMUTA (1) Una strana creatura antropomorfa che non attacca i Pikmin, ma li seppellisce sotto la terra. Per questo non è un pericolo ma è fastidiosa.

Area 2

• BURROWING SNAGRET (8) Una creatura incrocio di un uccello e di un serpente. Vive sotto terra ed emerge quando qualche preda si avvicina. In superifice non è molto agile, infatti non può neppure spostarsi sul terreno, tuttavia con il suo lungo becco può catturare e divorare numerosi Pikmin. Conviene tenersi alla distanza e attaccarla sulla testa, suo punto debole, quando ha difficoltà ad uscire dal terreno.
• ARMOURED CANNON BEETLE (8) Un grosso scarafaggio con una spessa corazza, praticamente inscalfibile. Sopra la testa possiede un foro con cui aspira sassi e polvere (o Pikmin!) e poi sputa una roccia che può schiacciare moltissimi Pikmin. Per ferirlo è necessario costringerlo ad aprire la corazza e mostrare il suo punto debole, il dorso. Per fare questo è necessario che la creatura aspiri per errore un Pikmin.

Area 3

• PUFFSTOOL (8) Una creatura simile a un grosso fungo ambulante. E' piuttosto pericolosa, in quanto, sebbene non disponga di attacchi diretti, se infastidita può rilasciare spore che fanno impazzire i Pikmin e li spingono ad attaccare i loro simili e Olimar. Per questo motivo, conviene attaccarla solo quando si è sicuri che non stia per rilasciare le spore. Inoltre, un attacco ben sferrato può sortire l' effetto di rovesciarla, così i Pikmin possono attaccare le sue parti interne che costituiscono il suo punto debole.
• BEADY LONG LEGS (7) Un enorme mostro simile a un ragno; sbuca all' improvviso precipitandosi dall' alto. Con le sue lunghe zampe può schiacciare numerosi Pikmin ed è difficile colpire il suo punto debole, il nucleo che pende dall' estremità superiore. Conviene attaccarlo con un piccolo gruppo di Pikmin, più facile da controllare.

Area 4

• ARMOURED CANNON BEETLE 2 (8) Un secondo esemplare della creatura dell' Area 2, praticamente identica per aspetto e comportamento.
• MOKY PROGG (9) Una misteriosa e perfida creatura che vive dentro un uovo. Se l' uovo viene infastidito può schiudersi lasciando libero questo mostro. Ama le cipolle dei Pikmin e per questo staziona nei loro pressi. Mentre si muove ara il terreno sollevando polvere e rocce che possono ferire i Pikmin, inoltre emette uno strano gas letale e può schiacciare i Pikmin. E' difficile da colpire e molto resistente. E' possibile anche ucciderla prima che l' uovo si schiuda. Il suo cadavere costituisce un eccellente nutriente per le cipolle dei Pikmin.

Area 5

• EMPEROR BULBLAX (10) Il signore dei bulborb, una bestia enorme e estremamente aggressiva. La sua massa è tale che può schiacciare grandi quantità di Pikmin con un salto e, a differenza dei normali bulborb, ha una lunga lingua con cui riesce ad afferrare molte prede. Sul dorso presenta un guscio spesso e inscalfibile che lo rende simile a roccia. Questo significa anche che l' unico modo di ferirlo è attaccarlo frontalmente, sul muso, il che espone molti Pikmin a morte certa. Il suo stomaco è sensibile alle esplosioni.