Anche Kirby64, come gli altri Kirby e gli altri Platform 2D in generale, possiede una buona quantità di Boss, nemici più forti del solito, in genere capi di alcune sezioni di gioco. Qua vi sono in tutto sette boss “ufficiali”, che si incontrano alla fine di ogni mondo, e altri tre che si incontrano alla fine dei tre livelli di Pop Star. Eccone una lista.

Waddle Doo
Quando il tenero Waddle Dee trova un frammento di cristallo, Dark Matter si impossessa di lui e lo trasforma in Waddle Doo. E’ il boss del primo livello di Pop Star. Curiosamente, non attacca Kirby con il suo raggio, come fa negli altri giochi, ma lo attacca caricandolo. Sconfitto, Dark Matter uscirà dal corpo di Waddle Dee e quest’ultimo si unirà alla comitiva di Kirby.

Adeleine
Adeleine è una giovane pittrice che stava pitturando una tela, quando una frammento di cristallo le cade vicino. Lei lo raccoglie, e Dark Matter si impossessa di lei. Adeleine indemoniata attacca Kirby disegnando mostri sulla tela, che escono e colpiscono la pallina rosa. Appena finisce i mostri, attacca lei stessa. Sconfitta e liberata, si unisce alla comitiva. Bisogna sfidarla alla fine del secondo livello di Pop Star.

King Dedede
Un frammento di cristallo cade nel terrazzo del castello del sovrano di Dream Land, e nello stesso momento entra Kirby. Inizia una disputa fra i due per il possesso dell’oggetto, interrotta bruscamente dall’arrivo di Dark Matter, che si impossessa di Dedede. Dedede non attacca Kirby con il suo martellone che lo contraddistingue, ma con una serie di attacchi mostruosi ad opera di Dark Matter. Sconfitto anch’egli, e dopo alcuni dubbi, decide di entrare nella comitiva di Kirby.
Compare alla fine del terzo livello di Pop Star.

Whispy Wood
Come da tradizione, ecco Whispy Wood, l’albero sputavento e sparamele, che compare come primo boss “ufficiale”, questa volta accompagnato dai suoi figlioletti, i Whispy Wood Jr. Prima dovrete sconfiggere i tre alberelli, poi Whispy Wood si adirerà e inizierà a far fuoriuscire le radici, che voi dovrete colpire. E’ il boss di Pop Star.

Pix
Tre creature di forma poligonale, una rossa, una verde e una blu. Nella prima parte della battaglia non li potrete colpire. Appena la piattaforma sarà arrivata in cima li dovrete scansare (si creano delle lame con le quali colpiscono Kirby) e colpire con gli oggetti che compaiono. Pix è il boss di Rock Star.

Acro
Un’orca (invertite il senso delle lettere del nome), boss di Aqua Star, che attacca Kirby sputando Gordo, Fishbone, Bonehead e altre schifezze. Aspiratele (ovviamente i Gordo no!) e sputatele in faccia ad Acro, cercando di evitarlo quando vi carica, per sconfiggerlo. Finita la prima parte della battaglia, lo scontro si svolgerà in verticale, con Acro che tenterà di salire e Kirby che dovrà aspirare i vari nemici e sputarglieli addosso.

Magman
Un enorme massa di lava con occhi e bocca, che attacca Kirby con enormi lingue di fuoco. Nella prima parte della battaglia sta sullo sfondo, mandando le lingue infuocate in primo piano, e Kirby dovrà colpirle con abilità o Magoo aspirati per l’occasione. Nella seconda parte della battaglia Magman stesso passerà in primo piano e voi dovrete colpire lui direttamente. E’ il boss di Neo Star.

HR-H/HR-E
I boss di Shiver Star. HR-H è un enorme robot di forma umanoide che attacca Kirby con manate a laser dallo sfondo al primo piano (dove si trova Kirby). Dovete colpire le braccia per sconfiggerlo. HR-E è la trasformazione di HR-H, con forma vagamente simile a quella di uno scorpione. Per sconfiggerlo dovrete colpirlo nella parte inferiore del corpo.

Miracle Matter
Il boss di Ripple Star, e quindi apparentemente l’ultimo boss del gioco. Si tratta di un’enorme sfera (ma non tanto, poi…) con molti occhi, che cambia in continuazione forma e ne assume varie, tutte simili a quelle di Kirby. Per colpirlo dovrete aspirare di volta in volta quello che lancia e sputarglielo in faccia prima che torni allo stato normale. Potete anche attaccarlo con un’abilitò, am è sconsigliato, dato che, ad esempio, per colpirlo con un’abilità Ghiaccio dovrete aspettare che diventi di tipo Ghiaccio, e quindi ci vuole un bel po’ di pazienza.

O2
Il boss di Dark Star, la vera essenza di Dark Matter, malignità allo stato puro, il cuore del pianeta in cui vive (che poi è stato generato da egli). Si tratta di un enorme occhio rosso con due ali ai lati, che attacca Kirby sparando una sorta di proiettili rossi. Lo scontro con O2 è il più strano di tutto il gioco: Kirby è trasportato da Ribbon, e porta con sé un cristallo-pistola, frutto di due abilità che non si possono usare nel gioco. Con i cristallo-proiettili va colpito l’occhio; dopodichè il mostro verrà stordito e farà uscire dalla sua parte inferiore una protuberanza verde, che dovrete colpire per togliergli l’energia. La musica che fa da sfondo a questa sfida è una delle più belle in assoluto nel gioco, e chi l’ha amata e possiede Super Smash Bros Brawl provi pure a ottenere 5000 monete in tutto nella modalità Coin, avrà una sorpresina…