La storia comincia con Sonic alla ricerca dei Chaos Emerald e del Dr. Eggman. Dopo essere arrivato su Angel Island, trova Mecha Knuckles e lo sconfigge. Intanto il Dr. Eggman ha costruito l'Egg Rocket per andare nello spazio, su cui Sonic riesce a infiltrarsi. Sonic riesce così a raggiungere il Dr. Eggman e a sconfiggerlo.

-Finale Cattivo: Dopo aver sconfitto Eggman, Sonic non ha abbastanza Chaos Emeralds per trasformarsi. Mentre sta cadendo sulla terra, Tails lo salva afferrandolo con il Tornado.

-Finale Buono: Dopo aver sconfitto Eggman, Sonic si trasforma in Super Sonic e lo insegue mentre scappa nello spazio. Dopo averlo sconfitto Super Sonic ritorna sulla terra e incontra Tails e i suoi amici.