YOSHI - Ebbene sì, questa volta è Yoshi il protagonista dell'avventura! Yoshi potrà correre e saltare (un pò come Mario), ma è la sua lingua che lo rende così speciale: potrà inghiottire quasi tutto si pari sulla sua strada, trasformandolo in uovo pronto per essere usato come proiettile contro altri nemici...insomma, un eroe davvero versatile! E non è solo: ci sono tanti Yoshi (Yoshi azzurri, blu, viola, rosa, rossi, gialli, arancioni...di tutti i colori!) con lui, e questa banda di dinosauri scatenati porterà Baby Mario dal suo fratellino con una magica staffetta.

 BABY MARIO - Poteva forse mancare l'idraulico italiano più famoso del mondo? A di la verità qui Mario non sapeva ancora che sarebbe diventato un idraulico...perchè è ancora in fasce! Il bimbetto andrà portato sano e salvo dal suo fratellino e dalla cicogna, ma occhio a non permettere che i nemici lo disarcionino: saranno pianti e gridi, dopotutto è pur sempre un bimbo indifeso!

 KAMEK - Il perfido magikoopa di nome Kamek ha guardato nella sua sfera di cristallo e ha previsto tutto: quei due bambini porteranno grandi disgrazie alla stirpe dei koopa...quindi la cosa migliore da fare è rapirli e sopprimerli prima che possano crescere. Per fortuna che Kamek non riesce a tenersi stretto Baby Mario, che cade in mare...

 BABY BOWSER - Il giovane principe dei koopa, e futuro re malvagio che tutti conosciamo. Stavolta Bowser non partecipa al rapimento (ideato da Kamek), e dorme ignaro nella sua cameretta fino alla fine del gioco...fin quando viene disturbato dagli schiamazzi di Kamek e decide di giocare anche lui.

 BABY LUIGI - Il piccolo Gigi è la vittima della situazione (già da piccolo...un destino segnato): viene rapito da Kamek, e tutti gli Yoshi partono con Baby Mario per liberare lui e la cicogna.

 CICOGNA - Una normalissima e classica cicogna. Ella si occupa di ciò che fanno di solito le cicogne (portare bambini a destinazione), e mentre sorvola il cielo con i teneri fagottini nel becco viene sorpresa da Kamek che le ruba i bambini e la rapisce.