ATTENZIONE: in questo paragrafo sono contenuti importantissimi SPOILER sulla trama del gioco: non leggetelo a meno che non abbiate già finito il gioco!

1 - BANCO DI PROVA

In questo primo processo, Phoenix è chiamato a difendere il suo amico Larry Butz dall'accusa di omicidio nei confronti della sua fidanzata Sarah Stone. Alla fine Phoenix scoprirà che ad uccidere la povera ragazza non è stato Larry (anche perchè quell'essere non ucciderebbe nemmeno una zanzara anemica!), bensì un brutto ceffo che si spacciava per venditore ambulante. Ad incastrarlo sarà un orologio da tavolo.

2 - UN CASO PARANORMALE

Prima apparizione per Maya e per il detective Gumshoe. Mia, purtroppo, viene uccisa...e la colpa ricade proprio sulla sorella minore Maya. Dopo alcune indagini, Phoenix scopre che il vero assassino è in realtà un ricattatore che possiede un'agenzia che spia la gente per ricavare preziose informazioni sulla vita privata altrui per poi usarle a fini di ricatto. Lo stesso ricattatore, anni prima, aveva scatenato la stampa contro la madre di Mia dopo un'evocazione non riuscita. La morte, tuttavia, non impedirà a Mia di restare accanto a Phoenix e a Maya come spirito per consigliarli. Dopo la sua dipartita, comunque, lo studio non si chiamerà più "Fey & Co.", bensì "Wright & Co.".

3 - LA CADUTA DEL SAMURAI

Phoenix, stavolta, dovrà indagare sull'omicidio di Jack Hammer, protagonista dello show televisivo "Il Samurai d'acciaio". Alla fine scoprirà che l'omicidio è stato in realtà un incidente provocato dalla produttrice dello show e dalla sua gang, e che non è stata colpa dell'imputato Will Powers.

4 - OMBRE DAL PASSATO

Uno dei casi più intricati di tutta la tetralogia. Miles Edgeworth, rivale di Phoenix, è accusato dal suo maestro Manfred von Karma di aver ucciso l'avvocato Robert Hammond. Dopo lunghe ed estenutanti indagini, Phoenix scoprirà che il caso è in realtà strettamente collegato a un vecchio caso insoluto detto DL-6, dove perse la vita il padre di Miles. In realtà il suo assassino fu nientemeno che lo stesso von Karma, desideroso di vendicarsi dopo che il padre di Edgeworth, un brillante avvocato, gli fece fare una brutta figura in aula di tribunale. Manfred von Karma cercò di insabbiare il tutto a costo di incastrare il suo adepto Miles Edgeworth e a costo di tenersi un proiettile, sparato dalla vittima prima di morire, dentro la sua spalla per anni! Alla fine la giustizia trionferà, ma Miles resterà sconvolto per aver conosciuto tutti i risvolti del caso. Maya, a caso chiuso, deciderà di tornare per un pò al suo villaggio per addestrarsi come medium.

5 - RINASCITA DALLE CENERI

In questo caso Nick dovrà difendere Lana Skye, un procuratore capo, dall'accusa di omicidio del detective Bruce Goodman; potrà contare sull'aiuto di Ema Skye, sorella dell'imputata e aspirante detective scientifica. Il corpo della vittima è stato trovato nell'auto di Miles Edgeworth, che rappresenta l'accusa al processo; ben presto Nick scoprirà che questo caso è collegato a un omicidio insoluto avvenuto due anni prima, nel quale rimase ucciso il fratello del detective Jake Marshall: quest'ultimo ha lavorato nell'ombra per 2 anni, per vendicarsi e incastrare il vero responsabile di quell'omicidio e di questo: trattasi di Damon Gant, nientemeno che il questore più importante della città!