Sebbene non siano poi così tanti, i livelli di Yoshi’s Story sono tanti piccolo gioielli. Eccone un elenco con piccola descrizione per ciascuno.

BEGINNING

Treasure Hunt - Il livello classico con il quale ogni gioco di Mario, o di Yoshi, inizia. Il classico livello immerso nel verde, che si porta a termine, più che per andare avanti nel gioco, per farsi un giro.
Surprise - Sostanzialmente simile al precedente, c’è la fastidiosissima aggiunta degli Airbag.
Rail Lifts - Anche questo livello abbastanza standard, arricchito dalla presenza di tutta una serie di tratti da fare sul dorso di nuvolette, cercando di colpire la leva giusta.
Tower Climb - Livello ambientato di notte in una torre. E’ un continuo andirivieni fra l’interno e l’esterno della costruzione.

CAVERN

Bone Dragon Pit - Una grotta sotterranea popolata da scheletri di draghi che continuano a sputare spine che saltano a destra e a manca e piccole piante carnivore con la testa bianca che girano qua e là.
Blargg’s Boiler - Altra grotta sotterranea, stavolta immerse nella lava. Attrazioni principali sono i colossali Blargg che, con i loro occhi strabici e la loro faccia stupida, vincono il premio di essere più stupidi di tutta la Yoshi’s Island.
Jelly Pipe - Livello ambientato in una spelonca sotterranea, che sembra non avere fine. Nulla di particolare contraddistingue questo livello.
Torrential Maze - Livello sostanzialmente simile al precdente, tranne che per il torrente sotterraneo che scorre in alcuni punti, impedendo agli Yoshi di girare come gli pare.

SUMMIT

Cloud Cruising - Un livello, per così dire, in verticale: anzichè andare da sinistra verso destra, si sale da sotto verso sopra a cavallo di tutta una serie di serpenti che vanno a zig zag comandati dai vostri salti. Cloud N. Candy vi aspetta alla fine.
The Tall Tower - Una grossa costruzione a base di torri, torrette e torroni (no, questi no). Tra molle, scalinate e uccellini stupidi sarà vostro compiti prendere i consueti trenta frutti per raggiungere, e poi sconfiggere, Inviso.
Poochy and Nippy - Un livello immerso nelle nevi perenni. Il boss è Cloudjin.
Frustration - Un altro livello immerso nelle nevi perenni, ma rispetto a Poochy and Nippy presenta alcuni baratri grossissimi da superare facendo ruotare una ruota. Il boss è Don Bongo.

JUNGLE

Jungle Hut - Un livello ambientato in una giungla, con tante capanne, in ciascuna delle quali si trova un particolare tipo di nemico. I Gabon sono la popolazione di questo livello.
Jungle Puddle - Altro livello ambientato in una giungla, ma molto più difficile del precedente. Nel lago si nasconde un gigantesco Blurp che sarà pronto a far un solo boccone degli Yoshi. Occhi apertissimi, quindi.
Piranha Grove - Una giungla composta da Piante Piranha di tutti i tipi e di tutte le forme. Attenti alle Piranha Pest, che, sputandovi, potrebbero farvi cadere in un burrone.
Neuron Jungle - Una giungla notturna. Alcune piattaforme sono sollevate da alcuni “cosi” che vanno a destra e sinistra, avanti e indietro. Calcolate bene i tempi, quindi, prima di passare da un coso all’altro.

OCEAN

Lots O’ Jellyfish - Un livello acquatico popolato interamente da meduse di ogni tipo.
Lots O’ Fish! - Altro livello ambientato sott’acqua, questa volta popolato soprattutto da pesci.
Shy Guy Limbo - Livello terrestre, che vanta una popolazione di Shy Guy Limbo, che tenteranno in ogni angolo del livello di colpirvi con le loro aste.
Shy Guy Ship - Altro livello terrestre. Sullo sfondo vi sono alcuni Pirate Shy Guy che, sulle loro navi, vi bombarderanno di Bob-Omb. Alcune parti del livello sono fatte di pietra, che vengono a mancare se una Bob-Omb vi esplode sopra. Occhi aperti.

CASTLE

Mecha Castle - Un castello strapieno di trappole di ogni genere. Letale la parte dove si rischia di finire schiacciati.
Lift Castle - Altro castello pieno di trappole. Ovunque ci sono lame che girano in tondo, cercate di non finirci sopra che Yoshi non ne sarà contento.
Ghost Castle - Castello pieno di fantasmi. Boo, Boo che giocano a mosca cieca e BooBlocchi compaiono in ogni dove. Bisogna sfruttare questi ultimi per andare avanti in alcuni punti.
Magma Castle - Un castello infernale, pieno di sezioni sulla lava, bocche che sputano fuoco, lava che scivola lungo il pavimento e Shy Guy che vorrebbero arrostirsi un poco di carne.