Uscita: Giapponese 12/13/2002, Usa 24/03/2003, Europa 02/05/2003
Console: Gamecube
Sottotitolo giapponese: Ocarina of Time / Master Quest

Nell' edizione speciale di The Wind Waker era incluso un disco bonus contenente una riproposizione di Ocarina of Time e l' inedito Master Quest. Questa è una versione di Ocarina of Time differente solo per la struttura dei dungeon, la cui estensione è rimasta inalterata ma in cui sono stati modificati disposizione di nemici e oggetti e tipologie di enigmi e avversari. Era un progetto che addirittura doveva andare in porto sul 64DD, abbandonato dopo la prematura fine dello sfortunato add-on per il Nintendo 64 (alcune idee di quel progetto originale furono usate per Majora's Mask).

Come sottolinea il nome stesso, Master Quest è una versione concepita per chi ha terminato Ocarina of Time e vuole cimentarsi con dungeon e combattimenti più difficili.
 
Qui trovate un elenco degli Skulltula d' oro dei dungeon di Master Quest, visto che è cambiata la loro disposizione. Per tutte le altre informazioni si rimanda alla sezione di Ocarina of time per Nintendo 64.