Super Mario Land 2: Six Golden Coins è ambientato sull'Isola di MarioLand, sotto il possesso di Mario (ma occupata da Wario). E' divisa in sei zone alle quali se ne aggiungono altre quattro: la Zona Ippopotamo, accesso alla Zona Spazio, la Casa-Fungo, casetta di Mario, il Castello di Mario, dove risiede ora Wario, ed infine un livello facoltativo ed inutile a qualsiasi fine, scollegato da qualsiasi zona, la cui presenza è e rimarrà un mistero. Esiste anche una slot-machine dove scommettere monete per vite o power-up.
 

 ZONA ALBERO - Gigantesco albero popolato da altrettanto giganteschi animali, come formiche od uccelli. Il gufo Radonkel è il boss di questa zona.

 ZONA MICRO (o MACRO) - Ambientata in una casa, la zona Micro (Macro nella versione americana) è accessibile solo alle persone di piccolissima statura. Ciò crea ovviamente dei problemi, dato che qualcosa di innocuo si trasforma ben presto in un ostacolo. Ricky il topo difende questa zona.

 ZONA ZUCCA - Quella che è plausibilmente una enorme zucca di Halloween vede al suo interno spettrali nemici come streghe, Boo o Goomba Boo, ovvero Goomba fantasma non-morti. Sabasa la strega, che compare anche nella slot-machine, è il boss della zona.

 ZONA MARIO - Un gigantesco robot-LEGO a forma di Mario, abitato da giocattoli come soldatini o orsetti. Alla fine attendono Mario nientemeno che... i tre porcellini!

 ZONA TARTARUGA - Ambientata sott'acqua, la zona si chiama così perché, per accedervi, è necessario essere ingoiati da una tartaruga gigante. Mario, nei fondali marini, troverà una grande balena ed un sottomarino. Una piovra lo attende nella pancia della balena.

 ZONA SPAZIO - Accessibile dalla "Zona Ippopotamo", nella zona spaziale Mario dovrà lottare contro la gravità indossando una tuta spaziale. Tatanga cerca, inutilmente, di vendicarsi della sconfitta subita nel primo Mario Land.