Le missioni sono una modalità inedita nel mondo di Mario Kart, esse consistono nel superare sfide di vario genere, ad esempio arrivare prima degli avversari, sconfiggere dei nemici utilizzando gli oggetti, ecc.
Le Missioni si dividono in sette Livelli , ognuno di essi è composto da nove Missioni: otto “normali” ed una finale in cui bisognerà affrontare un boss proveniente da “Super Mario 64”.
Quando si affronta una Missione non è possibile scegliere né il personaggio né il kart, perché entrambi sono già predefiniti.
Di seguito la lista di tutte le Missioni.

LIVELLO 1
 
1-1: Passa attraverso i cinque cancelli numerati, in ordine.
1-2: Raccogli tutte le 15 monete.
1-3: Distruggi tutti i 10 Cubi Oggetto.
1-4: Colpisci cinque Pesci Smack usando la Stella.
1-5: Passa attraverso i sei cancelli numerati, in ordine.
1-6 Attraversa il Palazzo in retromarcia.
1-7: Raccogli tutte le 20 monete.
1-8: Esegui 4 Turboaccellerazioni (Miniturbo) in un solo giro.
Boss: Gran Bronco.

LIVELLO 2

2-1: Colpisci tutte le 10 casse di legno con il kart e distruggile.
2-2: Raccogli 10 monete.
2-3: Passa attraverso i cinque cancelli numerati, in ordine.
2-4: Distruggi tutti i cinque Cubi Oggetto.
2-5: Raccogli tutte le 20 monete.
2-6: Usa le Bob-ombe per distruggere cinque Marghibruchi.
2-7: Passa attraverso i 10 cancelli numerati, in ordine.
2-8: Esegui 4 Turboaccellerazioni (Miniturbo) in tre giri.
Boss: Rocciocchio.

LIVELLO 3

3-1: Distruggi tutti i cinque Cubi Oggetto.
3-2: Passa attraverso i cinque cancelli numerati in retromarcia.
3-3: Raccogli tutte le 15 monete evitando Categnaccio.
3-4: Taglia il traguardo prima di Yoshi.
3-5: Passa attraverso gli 8 cancelli numerati, in ordine.
3-6: Colpisci una Tantatalpa cinque volte con un guscio.
3-7: Esegui 9 Turboaccellerazioni (Miniturbo) in un solo giro.
3-8: Raccogli tutte le 20 monete.
Boss: Goomboss.

LIVELLO 4

4-1: Taglia il traguardo prima di Donkey Kong.
4-2: Distruggi 20 granchi.
4-3: Taglia il traguardo prima della macchina rossa.
4-4: Passa attraverso gli 8 cancelli numerati, in ordine.
4-5: Raccogli tutte le 15 monete evitando i Twomp.
4-6: Distruggi tutti i 10 Cubi Oggetto evitando quelli falsi.
4-7: Passa attraverso i 10 cancelli.
4-8: Esegui 9 Turboaccellerazioni (Miniturbo) in un solo giro.
Boss: Re Boo.

LIVELLO 5

5-1: Taglia il traguardo prima di Categnaccio.
5-2: Raccogli 15 monete in retromarcia evitando i pupazzi di neve.
5-3: Distruggi tutti i 5 Cubi Oggetto.
5-4: Passa attraverso i 10 cancelli numerati, in ordine.
5-5: Completa un giro in senso contrario entro il tempo limite.
5-6: Raccogli tutte le 18 monete.
5-7: Passa attraverso gli 8 cancelli numerati, in ordine.
5-8: Taglia il traguardo prima di Mario.
Boss: Boss Bob-omba.

LIVELLO 6
6-1: Guida in retromarcia attraverso il ponte.
6-2: Investi 15 Tartatalpe utilizzando la Stella.
6-3: Raccogli tutte le 30 monete.
6-4: Distruggi tutti i 10 Cubi Oggetto.
6-5: Passa attraverso gli 8 cancelli numerati, in ordine.
6-6: Esegui 14 Turboaccellerazioni (Miniturbo) in un solo giro.
6-7: Raccogli tutte le 40 monete.
6-8: Taglia il traguardo prima di Peach.
Boss: Gran Ghiaccio.

LIVELLO 7

7-1: Esegui 6 Turboaccellerazioni (Miniturbo) in un solo giro.
7-2: Taglia il traguardo prima di Bowser.
7-3: Completa due giri entro il tempo limite.
7-4: Sconfiggi 30 Goomba utilizzando i gusci.
7-5: Raccogli tutte le 20 monete.
7-6: Passa attraverso gli 8 cancelli numerati, in ordine.
7-7: Raccogli in retromarcia 12 monete evitando le fiamme.
7-8: Distruggi tutti i 10 Cubi Oggetto evitando quelli falsi.
Boss: Torcibruco.