IL NUOVO ASSO

Shadi Smith, una vecchia conoscenza di Phoenix Wright, viene assassinato al Club della Barbabietola (un locale dove Phoenix lavora come pianista). Wright, che stava giocando con lui a poker, viene accusato di omicidio. Chiede allora di essere difeso da Apollo, un giovane avvocato appena laureatosi. L'assassino altri non è che Kristoph Gavin, mentore di Apollo. Alla fine verrà smascherato, ma il movente del delitto rimane oscuto; lo studio di Kristoph viene chiuso, e Apollo fa la conoscenza di Trucy e comincia a lavorare per Phoenix.

IL CASO IN AGGUATO

Il secondo caso di Apollo è quantomeno spinoso: Pal Meraktis, un dottore che gestiva una clinica privata, viene ucciso mentre trasportava un chiosco di noodles. Dell'omicidio viene accusato Wocky Kitaki, il figlio di un importante boss mafioso. Nella stessa notte a Trucy vengono rubate le sue preziose culotte magiche, che vengono poi ritrovate in mano a uno studente dell'università Lupios che voleva capirne il meccanismo del trucco durante gli spettacoli. Il vero assassino del dottore è in realtà la fidanzata di Wocky, che lavorava col dottore stesso nella clinica mesi prima, quando Wocky stesso fu operato per togliergli un proiettile dal cuore. Il proiettile non era stato rimosso, e Wocky aveva i giorni contati: a sapere di questa operazione non fatta erano solo il dottore e la fidanzata di Wocky, a quel tempo infermiera; la ragazza temeva che prima o poi la verità venisse a galla e che lei fosse uccisa dai Kitaki. Infine, Wocky si salverà, operato dai migliori medici del paese.

IL CANTO DELLA SIRENA

Durante un concerto dei Gavinners viene ucciso l'agente della cantante che collaborava con la band. Si tratta di Romein Le Touse, agente della cantante Lamiroir. Entrambi vengono dalla Borginia, remoto paese europeo. Dell'omicidio viene accusato Machi Tobaye, pianista cieco che si accompagnava sempre a Lamiroir. In realtà l'assassino è Darian Crescend, chitarrista amico di Klavier, che in passato era un contrabbandiere di bozzoli borginesi (vietatissimi dalla legge perchè da essi si ricavavano tossine e medicine) e aveva scoperto che Romein Le Touse era un agente della CIA sotto copertura ed era sulle sue tracce. Si scopre inoltre che è Lamiroir ad essere quasi cieca, ed il suo pianista Machi in realtà la accompagnava fingendosi cieco lui stesso.

DI MANO IN MANO

Ultimo avvincente processo della saga. Phoenix Wright annuncia ad Apollo che questo sarà il primo processo del paese ad avere una giuria di 6 persone. Viene ucciso un pittore, Drew Misham, e dell'omicidio viene accusata la timidissima figlia Vera. La stessa Vera, durante il processo, finisce avvelenata e rischia di morire. Dopo la prima parte del processo, faremo un salto nel passato per vivere l'ultimo processo di Phoenix Wright, dove il nostro beniamino perse lavoro e distintivo per aver presentato inconsapevolmente una prova falsa: 7 anni prima un famoso mago, Magnifi Gramarye, quando scoprì di essere gravemente malato si suicidò lasciando le sue magie e i suoi trucchi in eredità a Shadi Enigmar, alias Zak Gramarye, suo allievo e padre di Trucy. Dell'omicidio venne accusato Zak, anche se la colpa sembrava essere di suo fratello Valant. Phoenix, per difenderlo, presentò una prova falsa: trattavasi di una pagina del diario segreto di Magnifi, dove dietro le righe sembrava che il vecchio accusasse Valant di averlo ucciso scagionando così Zak. Phoenix perse il distintivo davanti al procuratore Klavier Gavin, al suo primo processo, e presto scoprì che la falsificazione era opera di Vera Misham! Già, la ragazza, a quel tempo bambina, era un genio e un'abile falsificatrice...anche se era inconsapevole dei crimini che potevano essere commessi sfruttando il suo talento. Il padre Drew fingeva di falsificare quadri, ma era sua figlia che faceva tutto.
Chi aveva ordinato di falsificare la prova e chi l'aveva fatta arrivare a Phoenix (tramite Trucy, ancora bambina) era Kristoph Gavin, che voleva vendicarsi di Phoenix Wright perchè era stato scelto come avvocato da Shadi Enigmar dopo una partita di poker. Sentendosi offeso per il fatto che Phoenix fosse stato preferito a lui solo per aver vinto una partita di poker, voleva far radiare Phoenix dall'albo degli avvocati e uccidere Shadi Smith. Durante il processo, però, Shadi sparì con un trucco di magia e di lui non si seppe niente per 7 anni. Trucy, che aveva già perso la madre in un incindente di scena, rimase anche senza padre e venne così adottata da Phoenix. Ma Kristoph era in agguato, e non appena Shadi si rifece vedere lo uccise senza pietà (il primo caso). Si premurò poi di mandare ai Misham una lettera come ricevuta del pagamento per la falsificazione chiedendo di inviargli la risposta usando un francobollo avvelenato che lui stesso aveva messo nella busta: una vera bomba a orologeria, che avrebbe ucciso i Misham non appena lo avessero leccato. Kristoph pensava che essendo inconsapevolmente complici nel suo delitto, padre e figlia sapessero troppo. Fortunatamente Vera conservò il francobollo in una cornice perchè che le piaceva molto, e la trappola per scattare dovette "attendere" 7 anni. Alla fine tutto si risolse per il meglio, e Vera si salvò. Inoltre, colpo di scena, Phoenix scopre che Lamiroir, presente nella giuria del processo, è in realtà la madre di Trucy. La donna dopo l'incidente di scena non morì ma perse vista e memoria, limitandosi a sparire dalla circolazione. E, come se non bastasse, da un suo precedente matrimonio aveva avuto anche Apollo...ergo, Apollo e Trucy sono fratelli! Ecco spiegata anche l'abilità di Apollo, simile a quella di Trucy, a "sentire" le menzogne della gente. Il suo braccialetto magico apparteneva alla madre, che glie l'aveva donato da bambino. Si tratta dell'eredità dei Gramarye, grande famiglia di maghi.
Qui la tetralogia finisce: Apollo e Trucy continueranno a lavorare assieme sotto l'ala protettiva di Phoenix Wright, e ben presto Lamiroir si deciderà a entrare nelle loro vite per rivelare loro la verità...che hanno ancora una mamma. Ma non ci è dato sapere quando, perchè noi non assisteremo a quel momento ma potremo solo immaginarlo.