ATTENZIONE: in questo paragrafo sono contenuti importantissimi SPOILER sulla trama del gioco: non leggetelo a meno che non abbiate già finito il gioco!

LA RIVINCITA

Il gioco comincia facendoci fare un salto nel passato, al secondo processo di Mia. La ragazza dovrà difendere proprio un giovane e ingenuo Phoenix Wright, e in questa occasione i due si incontrano per la prima volta. Phoenix viene accusato di aver ucciso un ragazzo di nome Doug Swallow, all'università di Lupios. In realtà la vera assassina non è altri che Dahlia Hawthorne, che nel frattempo finse di amare Phoenix per sottrargli con l'inganno una prova che lei stessa gli aveva consegnato subito dopo l'omicidio per non farsi scoprire e che lui aveva ingenuamente conservato pensando che si trattasse di un pegno d'amore. Dahlia finirà in prigione, dove si suiciderà.

GIU' LA MASCHERA

Phoenix dovrà difendere Ron DeLite, un ragazzo accusato di aver rubato una preziosa urna sacra sotto lo pseudonimo di MaskDeMasque, un famoso ladro mascherato. Un viscido individuo, spacciatosi per detective, rimane coinvolto nel caso e viene accusato di furto. Ben presto viene a galla anche un omicidio, e precisamente di Kane Bullard, l'ex-capo di Ron. Tutti i sospetti sono su Ron, ma la verità verrà infine a galla: il "super detective" era il vero assassino, e si era fatto accusare di furto per avere un alibi per la notte del delitto. Ron è in realtà MaskDeMasque, ma alla fine se la cava con un accusa di furto aggravato.

RICETTA PER IL DELITTO

Un famoso programmatore informatico, Glen Elg, viene ucciso in un ristorante: i sospetti cadono sulla cameriera Maggey Byrde (già apparsa in Justice for All), e spetterà a Phoenix difenderla. In realtà l'assassino è Furio Tigre, un noto usuraio dall'aspetto pittoresco: Glen Elg aveva appena vinto la lotteria, e Furio lo uccise per accaparrarsi la somma di denaro. Il cuoco del ristorante, avendo anche lui un debito con Tigre, fece da complice.

UN TRAGICO ESORDIO

Un altro salto nel passato, stavolta al primo processo in assoluto di Mia. La giovane dovrà difendere un galeotto, Terry Fawles, dall'accusa di aver ucciso il sergente Valerie Hawthorne. Terry morirà avvelenato in aula, poco prima di dire la verità: lui e la sorella di Valerie, Dahlia, si amavano e avevano progettato una fuga dopo aver rubato alcuni gioielli del padre di Dahlia (un noto gioielliere). In realtà Dahlia voleva i gioielli tutti per sè e non amava Fawles, così uccise la sorella Valerie (anche lei voleva la sua parte per essere stata d'accordo e quindi una complice) e si diede alla fuga buttandosi in un fiume.

CONFRONTO FINALE

Eccoci al caso più avvincente dell'intera trilogia. Phoenix viene convinto da Maya e Pearl a partecipare a un'iniziazione per le medium al tempio Hazakura, ad opera di una monaca di nome Bikini. La sua assistente è una ragazza tremendamente simile a Dahlia Hawthorne. Quella notte, una scrittrice di libri per bambini presente al tempio, la signora Deauxnim, viene brutalmente uccisa. I sospetti ricadono immediatamente su Iris, la ragazza simile a Dahlia; come se non bastasse, il ponte che collega il tempio alla sala di iniziazione viene bruciato e crolla, lasciando la povera Maya isolata dall'altro lato della valle: Phoenix, che stava provando ad attraversarlo per andare a salvare Maya, cade nel fiume  e rischia la vita. C'è poco tempo: per sostituire Phoenix al processo del giorno dopo arriva Edgeworth, che coadiuvato da Franziska riesce a prolungare il processo fino al giorno dopo: Phoenix può così essere dimesso dall'ospedale e continuare la difesa, facendosi aiutare anche dall'amico Larry Butz. Il finale è sconvolgente: la vera assassina è Dahlia, che si era suicidata in carcere anni prima dopo il secondo caso di Mia ma che è riuscita a reincarnarsi per pochi minuti nel corpo di Pearl (che era rimasta con Maya dall'altro lato della valle), a sua volta convinta a farsi possedere con l'inganno da sua madre, Morgan Fey, durante un colloquio (Morgan è ancora in prigione dopo il secondo caso di Justice for All). Come se non bastasse, la notte del delitto era intervenuto anche Godot, a sorpresa, che ascoltando i colloqui di Pearl con la madre detenuta si era recato sul luogo il giorno esatto per evitare l'omicidio e che rimane incastrato a causa del bagliore emesso dal suo visore al buio. Alla fine la vera assassina viene smascherata, e lo spirito di Dahlia torna nel mondo dei defunti dissolvendosi durante il processo; Maya e Pearl si salvano, e Godot rivela di essere Diego Armando, l'ex fidanzato di Mia che era stato avvelenato gravemente da Dahlia e che sopravvisse per miracolo, restando praticamente cieco e sordo (da qui il bisogno di indossare il suo visore speciale). Infine Phoenix, Maya, Pearl, Edgeworth, Franziska e Gumshoe possono andare a festeggiare per il lieto fine: qui finiscono le avventure di Phoenix Wright. Nick continuerà a fare l'avvocato e vivrà tanti altri processi, ma per questa splendida trilogia non poteva esserci fine migliore di questo caso.