Visto che gli episodi Advance non sono stati striminziti per quel che riguarda le novità introdotte, andiamo ad esaminare tutte quelle che non siano state già trattate nelle sottosezioni relative alle battaglie o all'oggettistica.

Contest

Novità assoluta e di grande rilievo. I contest altro non sono che una serie di gare pokémon non più basate sulla forza bruta o sulla strategia, bensì su una notevole molteplicità di fattori come la bellezza o l'intelligenza.
Da sottolineare è il fatto che le gare pokémon non sono un minigioco, bensì una parte integrante dell'avventura, che risulta simile per estensione a quella tradizionale delle palestre. Non per nulla anche i contest sono organizzati in edifici situati in ogni città (in Rubino/Zaffiro) e, infine, possono vantare i propri Elite Four.
Parte integrante della quest sono i Pokéblocks, ovvero il cibo che serve ai vostri pokémon per vincere le gare è che può essere ottenuto mixando insieme vari tipi di bacche. Ogni combinazione offre un aumento di statistiche diverso e, come potrete intuire, dona al tutto una profondità e una complessità globale davvero incredibile.

Connettività

Più che una vera novità, un ritorno, visto i precedenti di Pokémon Stadium e del Transfer Pack. Pokémon Rubino/Zaffiro/Smeraldo possono interagire sia con lo strumento Pokémon Box (GC) che con i due capitoli rpg: Colosseum e XD Tempesta oscura. Il primo dei giochi citati svolge appunto il ruolo di "box", ovvero di parcheggio per i pokémon, mentre coi due capitoli maggiori per Gamecube vi può essere un più complesso rapporto di cambi e combattimenti (lo stesso multiplayer è giocabile tramite GBA).
Per coloro che comprano le versioni americane o giapponesi dei giochi, vi è anche la possibilità di un collegamento con L'E-reader.

Base segreta

Una novità decisamente interessante e piacevole, quella delle Base segreta. Collocabile in vari luoghi, la suddetta base non è altro che un rifugio del tutto personalizzabile che il giocatore ha a sua disposizione.
Al suo interno possono essere disposte bambole poké, posters, oggetti ornamentali, sedie, cuscini, pavimentazioni particolari e tavolini. Insomma, una sorta di casetta di Animal Crossing in miniatura.

Torre lotta & isole

Aggiunte piuttosto classiche, ma senza dubbio piacevoli sono quelle della Torre lotta e delle isole segrete nascoste nelle versioni Rubino/Zaffiro/Smeraldo.La prima non è altro che un enorme edificio dove si può giungere solo dopo aver sconfitto i Superquattro e nel quale si può aver accesso ad un numero veramente notevole di sfide impegative.
Le isole segrete, in particolare la Mirage e la Southern, possono essere raggiunte solo attraverso enormi colpi di fortuna. L'isola Miraggio, come dice il nome, è addirittura evanescente, ovvero appare solo in base a dei calcoli fatti dal software in base ai pokémon che avete in squadra. La Southern island, invece, è leggermente più facile da raggiungere (serve l'infinity ticket) ma richiede comunque una ottima esperienza negli rpg pokémon.
Nella versione Smeraldo sono state aggiunte delle nuove isole nascoste, come la Faraday (raggiungibile con un apposito ticket) o la Birth island, dove è possibile catturare Deoxys. Inoltre, sempre nella versione Smeraldo, sono presenti numerose altre aggiunte, come la Mirage Tower o la Trainer Hill, vere e proprie roccaforti d'allenamento dove passare numerose ore di gioco.

Battle Frontier

Presente solo nella versione Smeraldo, questa è la risoluzione definitiva per gli amanti delle lotte tradizionali o meno e per gli allenatori più tosti.
 Composta da sette differenti tipi di arene, la Battle frontier vi permetterà di avere a disposizione un quantitativo di sfide sempre diverse che vanno dal torneo base con sedici partecipanti alla battaglia dove non importa vincere o perdere, ma basta saper combattere in maniera eccellente.