N.B. La maggior parte dei nemici non ha un nome, e ad essi verrà assegnato un nome generico.

SOLDATO SHARPCLAW - Trattasi dei soldati della razza Sharpclaw, che rispondono direttamente al generale Scales. Sono i nemici più comuni dell'intero gioco, e ne esistono anche di stazza grossa, più resistenti.

 DRAGHETTO VOLANTE - I draghetti volanti sono fastidiosissime creaturine volanti che attaccano urlando: se ne trovano ovunque, e sono davvero pestiferi.

 DINOSAURO DI TERRA - I dinosauri di terra sono rettili che vivono sotterrati e vengono fuori quando Fox si avvicina, mostrando solo il loro busto. Sono di varie dimensioni, e attaccano sputando proiettili di fuoco.

 GRANCHIOROSPI - Queste massicce e inquietanti creature abitano il Passo Monteluna; sono degli incroci fra dei rospi e dei granchi, e sbucano fuori da dei grossi buchi che usano come tana, mostrando solo il loro busto. Sparano onde energetiche dalle loro chele.

 FUNGO VELENOSO - Trattasi di enormi funghi rossastri, e se Fox si avvicinerà troppo cominceranno a scuotere il loro cappello producendo spore velenose: stategli alla larga!

 MECCANISMO DI ALLARME - Sono esseri meccanici volanti che pattugliano lentamente la fortezza CloudRunner e Rocca Drago: se Fox si avvicina, essi sparano raggi laser.

 ROCCIASAURO - Questi grossi e sgraziati dinosauri, sprovvisti di arti inferiori, abitano Passo Monteluna e Rocca Drago: camminano usando le zampe anteriori, e sputano fuoco dalle fauci.

 SOLDATO REDEYE - Questi minacciosi tirannosauri hanno preso possesso della Città Fortificata, e pattugliano il territorio. E' sconsigliabile avvicinarsi! L'unico modo per stordirli è un terremoto.

 TARTARUGA PRIMITIVA - Aggressiva tartaruga che nuota e si avvicina strillando appena scorge un nemico nelle vicinanze.

 PIPISTRELLI - Comuni pipistrelli che volano nelle grotte, e attaccano Fox quando si avvicina.

 SENTINELLA SHARPCLAW - Le sentinelle Sharpclaw sono dei massicci soldati che fanno la guardia a determinati cancelli: Fox non dovrà combattere contro di loro, ma semplicemente corromperli con degli scarabei.

 MEDUSE VOLANTI - Queste eteree creature abitano il palazzo Krazoa e attaccano chiunque si avvicini. Nell'aspetto ricordano delle meduse violacee.

BOSS

 GALDON - Galdon è il boss delle miniere Ghiaccioscuro: è un enorme e terrificante mostro, incrocio fra un dinosauro e una mantide religiosa. Fox dovrà farsi inghiottire e distruggere il suo apparato digerente.

 CORRIDORI SHARPCLAW - I corridori Sharpclaw sono i boss della fortezza CloudRunner, e sono semplici soldati Sharpclaw che cavalcano delle strane moto: Fox dovrà cavalcare uno dei loro mezzi, inseguirli e farli saltare in aria.

 RE REDEYE - Il boss della Città Fortificata. Un gigantesco tirannosauro dal pessimo umore! Fox dovrà colpirlo con dei barilotti esplosivi.

 DRAKOR - Boss di Rocca Drago, Drakor è un esperimento genetico del Generale Scales che dall'aspetto ricorda un enorme drago antropomorfo. Per sconfiggerlo, Fox dovrà colpirlo con il potere del fuoco dell'asta di Krystal.

 GENERALE SCALES - Il perfido Generale dovrebbe essere il cattivo finale del gioco, ma alla fine Fox non dovrà mai affrontarlo direttamente...un vero peccato, a tutti sarebbe piaciuto suonargliele di santa ragione!

 ANDROSS - Ecco il VERO boss finale del gioco: trattasi di Andross, il folle scienziato malvagio! Per combatterlo, Fox dovrà fare alla vecchia maniera: a bordo del suo fido Arwing!