La posizione degli Skulltula d' oro nei dungeon è stata modificata rispetto a Ocarina of time; invariata è invece quella di tutti gli altri. Per questi e per tutte le altre informazioni si rimanda all' apposita sezione di Ocarina of Time per Nintendo 64.

Link Bambino

INSIDE THE DEKU TREE

• Dentro una cassa all'inizio.
• Nella stanza della bussola (occorrono le bombe).
• Sul soffitto nella stanza con le lapidi (occorre il Boomerang).
• In una stanza adiacente a quella di prima (sempre con il Boomerang).

DODONGO'S CAVERN

• Nella stanza confinante con quella del grosso pilastro da abbattere con le bomb flower (occorre la Song of Time).
• In una stanza vicino quella specie di labirinto in cui la visuale di Link è ridotta.
• In una stanza vicino a quella in cui si recuperano le bombe.
• Nei pressi della stanza in cui si affronta il primo sub-boss.
• Nella stanza del secondo sub-boss, sul pilastro a picco sulla lava.

INSIDE JABU-JABU'S BELLY

• Nella stanza in cui si prende il boomerang (occorre la Song of Time).
• In una delle stanze che ospitavavano i Parasitic Tentacle in Ocarina of time.
• In una stanza vicino a quella con il sub-boss (occorrono le Lens of truth).
• Nella stanza antecedente al covo del boss.

BOTTOM OF THE WELL

• In un canale nel piano a forma di mano.
• Nella stanza con le bare.
• In una stanza adiacente a quella in cui si trova la mappa.

Link Adulto

FOREST TEMPLE

• Vicino l' ingresso.
• Nella stanza con i massi.
• Sopra la porta d' accesso a uno dei giardini.
• Sopra il pozzo in uno dei giardini.
• Nelle fogne.

FIRE TEMPLE

• Vicino il secondo Goron da salvare.
• In una delle grosse stanze circolari.
• Nell'altra grossa stanza circolare (occorre lo spaventapasseri).
• In una stanza adiacente a quella enorme con i muri di fuoco e le fiamme rotanti.
• In un corridoio.

ICE CAVERN

• Nella stanza in cui si trova la bussola.
• Nella stanza con i blocchi da spostare (occorre lo spaventapasseri).
• Nella stessa stanza di prima.

WATER TEMPLE

• In una cassa.
• Dietro l' inferriata da aprire colpendo un interruttore con lo Spin attack o il Din's Fire, nella parte dove si incontra un Lizalfos.
• Nella stanza a forma di serpente con tanti gorghi.
• Nella stanza con i gorghi e i massi rotolanti.
• Nella stanza in B1 con una forma quasi rettangolare (occorrono le Fire Arrow).

SHADOW TEMPLE

• Nella stanza con le trappole appuntite che cadono dal soffitto.
• Dietro la porta che ha sopra l' occhio che lancia fiamme (Stone Statue), nella stanza con tante ventole.
• Sotto i detriti in una stanza con dei Gibdo e vasi volanti.
• Nella grossa stanza dove precipita la nave, nel baratro.
• Nella stanza antecedente al covo del boss.

SPIRIT TEMPLE

• Nella stanza con i cinque blocchi con il simbolo del sole.
• Nella stanza piena di sabbia dove c' era la bussola in Ocarina of time.
• In una stanza con molti Skulltula e Skullwalltula.
• In una stanza vicino a quella dove si attiva il meccanismo per accedere alla statua della dea, dietro i troni di pietra (occorre farli distruggere dal Black Iroknuckle che sta lì).
• Esattamente come prima, dietro altri troni di pietra.