Oltre le aggiunte introdotte da Konami al gioco rispetto alla versione originale, cioè la possibilità di scattare foto ed usarle come tema per la propria mimetica (photocamouflage) e il poter camminare in sospensione utilizzando il balance della console, nella versione per Nintendo 3DS di Metal Gear Solid: Snake Eater 3D, secondo alcuni rumors fondati, potremo giocare il gioco completo interamente in prima persona, in stile FPS, modificando del tutto l'idea di camera che la serie ha sempre sfruttato. Infine sarà possibile muoversi da accovacciati (nella versione originale non era possibile).