Appena entrati alla Clock Town la fatina Tatl vi dirà di andare dalla Great Fairy situata nel nord della città. Per andarci, correte dietro la Clock Tower (la torre da dove siete entrati) e prendete l'entrata a nord.

Il tempio della Great Fairy è situato in cima alla piccola rampa in fondo alla zona in cui vi trovate. Quando entrerete e raggiungerete il centro della stanza (quello in cui volano tutte le fatine obese ^_^ ), verrete a sapere che una fata si è spersa nella città. Toccherà a voi prenderla e riportarla dalla Great Fairy.

Ora, se siete ancora nelle ore solari, troverete la fata andando nella parte Sud della città . Posizionatevi davanti al grande portone da dove siete entrati per la prima volta in città e girate lo sguardo (con Csu) verso destra: noterete una rampa. Salitela per arrivare alla Landry Pool Area. Noterete la fatina muoversi nell'acqua e fortunatamente il Deku Link che state controllando può saltellarvi, quindi non avrete particolari difficoltà nel catturarla. Se invece siete nelle ore lunari, andate nell'est della città, quella con una casa a forma di scrigno. Potrete notare un'aia che racchiude un fiore; la fatina che state cercando svolazzerà vicino ad esso. Usate la pianta per spiccare il volo e planate addosso alla fatina per catturarla.
Con la fatina scomparsa tra le mani, tornate dalla Grat Fairy per ricevere un'abilità che vi premetterà di tirare delle bolle magiche - questa nuova mossa si rivelerà molto utile in questa prima fase del gioco. Quando uscirete dal tempio della Great Fairy, vedrete un ragazzino (Jim) intento a rompere un palloncino (raffigurante la misteriosa maschera dello Skull Kid) con la propria cerbottana. Andategli vicino (senza parlargli) e tirate una bolla al palloncino che così esploderà. Jim per ringraziarvi vi proporrà un gioco e vi dirà anche che se vincerete riceverete in cambio il numero segreto per entrare all'osservatorio della città.

Il gioco consiste nel ritrovare Jim e altri 4 amici che si sono nascosti. I primi due sono nella parte nord, quella in cui vi trovate anche voi adesso, uno è dietro all'albero vicino voi e l'altro è in prossimità dello scivolo. Il terzo ed il quarto sono nell'est della città. Uno salterà giù da un tetto insieme ad una gallina, l'altro è nel tetto di paglia dell' hotel. Per raggiungerlo dovrete utilizzare il fiore Mojo che è nell'aia. Tramite questo volate nel tetto davanti a voi, il bambino è lì. L'ultimo bamboccio è nell'ovest della città, vicino alla porta che vi condurrebbe in un'altra parte della città.

Quando li avrete trovati tutti riceverete un codice d'accesso (scrivetelo per sicurezza, almeno non correte il rischio di dimenticarlo) che vi permetterà di usare il passaggio segreto nella parte Est della città.

Parlate al bambino di guardia nella parte Est della città, ditegli il codice d'accesso appena ricevuto da Jim e lui vi lascerà libero il passo. Una volta entrati, andate verso destra saltando sull'acqua da una piattaforma all'altra fino a quando non vi imbatterete in un ragno. Se avete già giocato al precedente Zelda per N64 sapete come si uccidono: aspettate che vi rivolgono il dorso e colpiteli con un'arma da lancio (le bolle in questo caso). Continuando poi per la vostra strada giungerete ad una grande stanza con un'altro palloncino.

Fatelo esplodere con un'altra bolla e salite la scala a pioli per arrivare ad una nuova stanza. Vedrete subito un personaggio familiare; se avete giocato a Ocarina of Time vi ricorderete sicuramente dello spaventapasseri. Come nel precedente capitolo, gli potrete insegnare una canzone, ma siccome la dovrete risuonare componetela cosicché sia facile da ricordare . Per adesso comunque non vi interessa dato che non avete strumenti.

Salite le scale colorate per arrivare al telescopio. Parlate con l'uomo che sembra mago Merlino e vi farà usare il suo aggeggio. Ora con la visuale dal telescopio alzatevi fino a quando non vedrete la cima della Clock Tower, a quel punto zoomate con A per vedere lo Skull Kid; successivamente vedrete anche un oggetto cadere dall'occhio della meteorite. Uscite dalla visuale telescopio e aprite la porta vicino a voi per andare in un giardinetto.  Recuperate l'oggetto che era caduto precedentemente dall'occhio della meteorite: una Lacrima di Luna.

Arrivati qui, tornate indietro fino alla parte centrale della Clock Town, più precisamente fino al fiore vicino alla Clock Tower. Qui consegnate la Lacrima di Luna al Deku che vi risiede per ricevere in cambio l'attestato di proprietà del fiore. Dopo una sequenza, il Deku volerà via e voi potrete usare il fiore Mojo per lanciarvi in aria e planare successivamente fino al balcone della Clock Tower dove otterrete anche il vostro primo quarto di cuore.

Ora che il fiore nel centro della città è vostro è ora di trovare un'altro quarto di cuore. Attendete la mezzanotte della prima notte e usate il fiore Mojo nell'Est della città per planare sul tetto di paglia dell' hotel. Entrate dalla porta e correte fino al piano terra. Recatevi poi alla toilet (la stanza con il libro in terra, anche se non sembra è una totilet) e con una mano (si, si, proprio con una mano, non ho sbagliato a scrivere) potrete scambiare l'attestato di proprietà terriera con un quarto di cuore. Ora andate nella parte nord della città e fate esplodere il palloncino rosso per conoscere Tinkle il disegnatore. Per 5 rupie potrete comprargli l'utilissima mappa della Clock Town.

Ora ritornare al balcone della Clock Tower volandoci con il fiore e attendete qui la mezzanotte dell'ultimo giorno. Quando arriverà vedrete la bella scena di apertura delle porte della Clock Tower. Entrate e per la seconda volta vi troverete faccia a faccia con lo Skull Kid. Avete solamente 5 minuti di tempo per salvare il mondo dalla catastrofe, quindi eseguite velocemente questa procedura: mirate lo Skull Kid con Z, poi sparategli una bolla per far cadere dalle sue mani l'ocarina. Raccoglietela subito e avrete il Flashback di quando la principessa Zelda vi insegnò la canzone del tempo. Suonate la "benedetta" canzone per tornare al primo giorno e sfuggire così alla collisione con il meteorite.

Consiglio: Potete suonare la canzone del tempo all'incontrario per rallentare l'andatura del tempo.

Quando ritornerete al primo giorno, andate subito dal venditore di maschere dentro la Clock Tower. Vi insegnerà la Song of Healing, che vi permetterà di tornare Link normale con la possibilità di acquistare le sembianze di un Deku indossando l'apposita maschera. Poi vi racconterà la storia della potentissima maschera di Majora (quella che porta lo Skull Kid).

Ora che siete tornati al vostro aspetto naturale, ci sono diverse cose da fare in città. Prima di tutto potrete ottenere una nuova maschera andando nell' area Laundry Pool durante la notte. Parlate con l'uomo che suona  che troverete lì e ascoltatelo per ricevere la Bremen Mask (consulta la sezione maschere di questa guida per avere informazioni precise sulla maschera).

Ora, durante la notte del primo giorno, recuperate nuovamente la fata sperduta nella parte est della città. Riportatela ancora dalla Great Fairy nella zona nord e questa volta otterrete (andando lì nei panni di Link e non di un Deku) la Great Fairy Mask che vi consentirà di attirare le fatine presenti in una qualunque stanza di un Dungeon.
Fatto questo, dovrete recuperare il Note Book, un libretto molto importante che vi ricorderà le persone da aiutare e quelle a cui avete già porto i vostri servigi. Andate nella parte nord della città e rompete i cespugli fino a ottenere 50 rupie. Ora recatevi nel negozio di bombe nella parte nord della città e comprate la Bomb Bag. Con le nuove armi nell'inventario recatevi nuovamente all'osservatorio (il codice di accesso è sempre lo stesso) ma questa volta non scegliete la strada di destra ma andate nuotando verso sinistra. Giungerete dopo un po' ad un'alcova con un ragno. Uccidetelo e noterete che nascondeva una crepa nel muro; usate una bomba per frantumare la parete e portare alla luce uno scrigno contenente 100 rupie. Uscite dall'osservatorio e la gang dei Bombers vi nominerà membro ufficiale donandovi, appunto, il Notebook.

L'ultima cosa (per adesso) da fare in città è recuperare la Bunny Hood. Per trovarla, uscita dalla porta Ovest della città (per porte intendo quelle protette dai soldati) per poi recarvi al ranch, situato nella parte sud-ovest del Termina Field . Fermatevi però un attimo ad ascoltare la fantastica musica del Termina Field. Dopo quest'attimo di rilassamento, esclusivamente durante le 12 ore solari del terzo giorno, recatevi dentro al ranch (solo nel terzo perché il lavoratore non riuscirà prima a rompere la pietra che ostruiva il passaggio per il ranch). Ora costeggiate la parte destra dell'area fino ad arrivare ad una porta su un muro con disegni di pulcini e galline. Entrate e parlate con la persona seduta nel tronco al centro. Ora indossate la Bremen Mask e tenendo premuto B per marciare girovagate per la gabbia. Piano, piano attirerete verso di voi tutti i pulcini; quando tutti vi seguiranno (dovrebbero essere un decina) incominceranno uno per volta a trasformarsi in galli. Successivamente l'uomo che con cui avete parlato precedentemente vi donerà la Bunny Hood (provatene subito gli effetti, andrete il doppio più veloci quando indosserete questa maschera!).

NB: Potrete entrare nel ranch solo nel terzo giorno

Questo è veramente tutto quello che potete ottenere alla Clock Town fino a questo momento. Ora uscite dalla porta Sud della città e recatevi al Southem Swamp.