Satoru Iwata ha parlato del rapporto, sopratutto come controller, del 3DS con il Wii U: ha iniziato dicendo che sarà possibile usare il 3DS come pad per il Wii U, ma che ci saranno diverse limitazioni. Facendo un esempio, ha detto che per limitazioni tecniche il Wii U non può connettersi ad internet se è già collegato ad un 3DS. Inoltre bisogna considerare che lo schermo del 3DS è più piccolo, con una risoluzione inferiore e con un touch meno sviluppato rispetto allo schermo del controller del Wii U, rendendo complessivamente meno godibile il gioco sulla console portatile.
Ha concluso dicendo che, anche a causa di questi problemi, implementeranno l'uso del 3DS nei giochi in cui sarà necessario, ma cercheranno di non utilizzarlo troppo per non costringere a comprare entrambe le console.